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《指引》明确，居民企业纳税人（以下简称纳税人）自纳税年度终了之日起5个月内或实际经营终止之日起60日内，依照税收法律、法规、规章及其他有关企业所得税的规定，自行计算本纳税年度应纳税所得额和应纳所得税额，根据月度或季度预缴企业所得税的数额，确定该纳税年度应补或者应退税额，并填写企业所得税年度纳税申报表，向国税机关办理企业所得税年度纳税申报、提供税务机关要求提供的有关资料、结清全年企业所得税税款。
企业所得税汇算清缴管理工作是各级国税机关的一项重要职责，《指引》要求，各市要紧密结合当地实际，对每一纳税年度的汇算清缴工作进行统一安排和组织部署。加强国税机关内部的协调和配合，主动为纳税人提供税收服务，按照规定进行纳税事项的审批或备案，受理并审核纳税人汇缴申报表及有关资料，及时办理企业所得税补税、退税或抵缴事项，搞好跨地区经营、合并缴纳企业所得税企业的协同管理，做好汇算清缴数据的统计分析、工作总结及后续管理工作。
纳税人汇算清缴的基本规定如下：
（一）汇算清缴范围
1、凡在纳税年度内从事生产、经营（包括试生产、试经营），或在纳税年度中间终止经营活动的纳税人，无论是否在减税、免税期间，也无论盈利或亏损，均应按照企业所得税法及其实施条例和有关规定进行企业所得税汇算清缴。
2、实行定期定额征收企业所得税的纳税人，不进行汇算清缴。实行核定所得率征收企业所得税的纳税人，应进行汇算清缴。
3、实行跨地区经营汇总缴纳企业所得税的纳税人，由统一计算应纳税所得额和应纳所得税额的总机构，按照规定，在汇算清缴期内向所在地主管国税机关办理企业所得税年度纳税申报，进行汇算清缴。分支机构不进行汇算清缴，但应将分支机构的营业收支等情况在报总机构统一汇算清缴前报送分支机构所在地主管国税机关。总机构应将分支机构及其所属机构的营业收支纳入总机构汇算清缴等情况报送各分支机构所在地主管国税机关。
4、经批准实行合并缴纳企业所得税的企业集团，由集团母公司在汇算清缴期内，向汇缴企业所在地主管国税机关统一办理汇缴企业及其成员企业的企业所得税汇算清缴。
（二）汇算清缴申报时限
1、纳税人应当自纳税年度终了之日起5个月内，进行汇算清缴，结清应缴应退企业所得税税款。
2、纳税人在年度中间发生解散、破产、撤销等终止生产经营情形，需进行企业所得税清算的，应在清算前报告主管国税机关，并自实际经营终止之日起60日内进行汇算清缴，结清应缴应退企业所得税款；纳税人有其他情形依法终止纳税义务的，应当自停止生产、经营之日起60日内，向主管国税机关办理当期企业所得税汇算清缴。
3、纳税人12月份或者第四季度的企业所得税预缴纳税申报，应在纳税年度终了后15日内完成，预缴申报后进行当年企业所得税汇算清缴。
4、合并缴纳企业所得税的企业集团应根据汇算清缴的要求，自行确定其成员企业向汇缴企业报送的有关资料及上报时限。成员企业向汇缴企业报送的上述资料，应经成员企业所在地的主管国税机关审核。
5、纳税人因不可抗力因素，不能在汇算清缴期内办理企业所得税年度纳税申报或备齐企业所得税年度纳税申报资料的，应按照税收征管法及其实施细则的规定，申请办理延期纳税申报。
6、纳税人在汇算清缴期内发现当年企业所得税申报有误的，可在汇算清缴期内重新办理企业所得税年度纳税申报。
（三）汇算清缴申报资料
企业应依法进行申报，提供的申报资料要真实、合法、准确、完整；按照《企业所得税法》及其实施条例、有关税收法律、法规、规章的要求，以符合企业生产、经营真实状况的财务会计报表数据为基准数据，依法认真填报企业所得税年度纳税申报表，并按照税务机关的要求报送其它相关资料；要依法自行进行涉税事项的纳税调整，并办理税款的应补、应退事宜。纳税人办理企业所得税年度纳税申报时，应如实填写和报送下列有关资料：
1、企业所得税年度纳税申报表及其附表；
2、企业财务报表；
3、备案事项相关资料；
4、总机构及分支机构基本情况、分支机构征税方式、分支机构预缴税款情况；
5、委托中介机构代理纳税申报的，应出具双方签订的代理合同，并附送中介机构出具的包括纳税调整项目、原因、依据、计算过程、调整金额等内容的报告；
6、涉及关联业务往来的，应同时报送《中华人民共和国企业年度关联业务往来报告表》；
7、主管税务机关要求报送的其他资料。
实行合并缴纳企业所得税的企业集团，应报送汇缴企业及各成员企业合并计算填写的企业所得税年度纳税申报表，各成员企业的企业所得税年度纳税申报表，以及汇算清缴规定的有关资料。
纳税人采用电子方式办理企业所得税年度纳税申报的，应按照有关规定保存有关资料并附报纸质纳税申报资料。
（四）汇算清缴申请审批和备案
纳税人需要报经税务机关审批、备案的事项，应按有关程序、时限和要求及时报送审批和备案资料。
1、实行审批管理的企业所得税涉税事项，纳税人应及时提出申请并提交相应资料，经具有审批权限的国税机关审核批准后执行。
2、实行事前备案管理的企业所得税涉税事项，纳税人应于纳税申报之前，在规定的时间内向国税机关报送相关资料，提请备案，经税务机关登记备案后执行。
3、实行事后备案管理的企业所得税涉税事项，纳税人可按照税收规定自行进行纳税调整，在年度纳税申报时，将相关资料报主管国税机关备案。
（五）税款补缴和超缴税款的抵退
纳税人在纳税年度内预缴企业所得税税款少于应缴税款的，应在汇算清缴期内结清应补缴的企业所得税税款；预缴税款超过应缴税款的，应及时向主管国税机关提出申请，按有关规定办理退税或者抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。
（六）法律责任
纳税人应当按照企业所得税法及其实施条例和企业所得税的有关规定，正确计算应纳税所得额和应纳所得税额，如实、正确填写年度纳税申报表及其附表，完整、及时报送相关资料，并对纳税申报的真实性、准确性和完整性负法律责任。
纳税人未按照规定期限进行汇算清缴，或者未按照规定报送资料的，按照税收征管法及其细则的有关规定处理。
为确保汇算清缴质量，《指引》要求，各级国税机关在汇算清缴开始之前和汇算清缴期间，要积极主动为纳税人提供税收服务。一是要大力加强汇缴宣传。要充分发挥办税服务厅的作用，采取发放明白纸、宣传栏、网上讲解等多种形式，广泛宣传汇算清缴范围、时间要求、应报送的资料及其他应注意事项，提高纳税人依法纳税意识和办税能力。二是要积极开展政策培训和纳税辅导。一方面要开展企业所得税法、年度纳税申报表、税法与企业会计制度差异、新税收政策的培训和辅导，尤其要对新办企业、享受过渡性优惠政策企业、新税法规定符合优惠条件企业、改组改制企业、汇总或合并纳税等特殊性企业实施重点辅导，确保各项政策的贯彻落实；另一方面要做好年度电子申报系统的培训，使企业熟悉操作流程和方法，减少冗余数据，提高申报效率。三是要及时为纳税人准备好汇算清缴需要的表、证、单、书等。
对于审批和备案管理工作，《指引》明确：
1、税收优惠审批项目。纳税人应按规定要求报送有关资料。对申请税收优惠项目审批材料不全或者不符合要求的，国税机关应在5个工作日内一次告知其应补正的全部内容。对需要进行实地核实的，应按规定派2名或以上工作人员进行实地核实。上级国税机关对实地核查工作量大、耗时长的，可委托企业所在地区县级国税机关具体组织实施。
各级国税机关应提高工作效率，按规定时限完成审批工作：对县（市、区）局负责审批的，应在20个工作日做出决定；对市局负责审批的，应在30个工作日内做出决定；对省局负责审批的，应在60个工作日内做出决定。在规定期限内不能做出决定的，经本级国税机关负责人批准，可以延长10个工作日，并将延长期限的理由告知纳税人。
2、事前备案项目。纳税人在规定时间内报送相关备案资料后，主管国税机关应对资料的完整性、合法性进行符合性审核，在受理纳税人减免税备案后7个工作日内完成登记备案工作，并告知纳税人执行。
3、事后备案项目。纳税人在年度纳税申报时，将相关资料报主管国税机关备案。主管国税机关受理企业备案后，应做好备案台账的管理。
4、企业所得税审核、审批和备案工作国家有特殊时限规定要求的，按国家有关规定执行。
对于申报资料审核，《指引》明确：
1、主管国税机关接到企业的年度所得税纳税申报表和有关资料后，应审核其申报表种类是否准确、资料是否齐全，如未按规定报齐有关附表、文件等资料的，应责令限期补齐；对项目填报不完整或错填的，应退回并责令限期补正。
2、重点审核的内容：
（1）企业所得税年度纳税申报表及有关申报资料的逻辑关系是否相符。主要包括：财务报表中“利润总额”与年度申报表主表“利润总额”是否一致；年度申报表主表中具有勾稽关系的数据是否相符；年度申报表附表中具有勾稽关系的数据是否相符；年度申报表主、附表间具有勾稽关系的数据是否相符。
（2）是否按规定弥补以前年度亏损和结转以后年度待弥补的亏损额。
（3）是否符合税收优惠条件，是否按规定程序办理税收优惠项目的审批和备案。
（4）税前扣除的财产损失是否真实，是否按规定程序办理税前扣除项目审批、备案手续。跨地区经营汇总缴纳企业所得税的纳税人，其分支机构税前扣除的财产损失是否由分支机构所在地主管税务机关出具证明。
（5）纳税人有无预缴企业所得税的完税凭证，完税凭证上填列的预缴数额是否真实。跨地区经营汇总缴纳企业所得税的纳税人及其所属分支机构预缴的税款是否与《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》中分配的数额一致。
（6）纳税人企业所得税和其他各税种之间的有关数据是否相符、逻辑关系是否吻合。
（7）对采取电子申报方式进行汇算清缴申报的，应对申报数据进行审核，对数据填写错误，表间、表表勾稽关系不符合逻辑的，应通过留言板告知纳税人报表存在的具体错误及处理方法，并要求纳税人修改数据后重新进行纳税申报。对申报数据审核无误后，再导入CTAIS系统，以确保申报数据的质量。
《指引》明确，对于在纳税年度内预缴企业所得税税款少于应缴所得税税款的，主管国税机关应在企业进行年度所得税申报时开具税收缴款书，补缴企业所得税税款；对于预缴税款超过应缴税款的，主管国税机关应及时按有关规定办理退税，或者经纳税人同意后抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。
《指引》要求，各级国税机关应做好跨地区经营汇总纳税企业和合并纳税企业汇算清缴的协同管理。
1、总机构和汇缴企业所在地主管国税机关在对企业的汇总或合并纳税申报资料审核时，发现其分支机构或成员企业申报内容有疑点需进一步核实的，应向其分支机构或成员企业所在地主管国税机关发出有关税务事项协查函；该分支机构或成员企业所在地主管国税机关应在要求的时限内就协查事项进行调查核实，并将核查结果及时反馈总机构或汇缴企业所在地主管国税机关。
2、总机构和汇缴企业所在地主管国税机关收到分支机构或成员企业所在地主管税务机关反馈的核查结果后，应对总机构和汇缴企业申报的应纳税所得额及应纳所得税额作相应调整。
